国家自然科学基金的成绩来源于医院对科研工作的高度重视。近几年，医院先后获批设立广东省博士后创新实践基地、市级工程技术研究中心，吸引了一批高素质博士后及高层次专业技术人才，为基础研究的开展搭建了较好的平台基础。同时，在国自然申报方面认真准备，通过申报动员、开展国自然系列讲座、组织专家辅导、重点申请人员一对一帮扶等多种方式，开拓研究人员的科研创新思维，挖掘开展研究的科学意义和潜在临床价值，进一步提升申请书质量。

国家自然科学基金立项突破是政校协同、合作办医的又一成果展现。2016年医院被南方医科大学纳入直属附属医院以来，获各级各类科研项目160余项，合计1916.33万元，其中承担国家级科研项目7项，省级科研项目7项。医院科研平台迅速完善，设立中心实验室、药物临床试验机构，获批广东省博士工作站以及广东省博士后创新实践基地，承担起博士及博士后等高质量科研人才的培育工作，目前累计招收博士后20名，顺利出站2名。医院共计设有市级工程技术中心5个，在微创脊柱外科、消化内科超微创技术与智能设备、再生医学技术、健康检测及风险关键技术、数字化微创技术等领域，为申报省级工程技术中心打下基础。医院累计发表 SCI论文 120 篇，累计影响因子 431.581。其中高质量的中科院小类1区文章11篇，2区文章27篇。目前医院获授权专利合计29项，其中发明专利2项，实用新型专利27项。